O NINTER visa promover na criança o desenvolvimento das habilidades mentais que suportam a aprendizagem acadêmica e o desenvolvimento das habilidades sociais requeridas no convívio escolar, instrumentalizar os professores dessas crianças com conhecimento acerca do Transtorno do Espectro Autista (TEA) — oferecer a eles a ficha de caracterização que contribua com o delineamento do perfil da criança, além de desenvolver o Plano Individual do aluno e orientar as famílias dessas crianças quanto ao papel que lhes cabe na parceria com as escolas em que seus filhos estão inseridos.
O núcleo é composto por profissionais das áreas de pedagogia, psicologia, terapia ocupacional e fonoaudiologia. É coordenado pelas áreas técnicas (clínicos) e pedagógicas, com supervisão da psicologia. Os atendimentos ocorrem no contra turno do período escolar.